O Vem Ser Protagonista surgiu da participação de seus quatro co-fundadores no Parlamento Jovem Brasileiro 2017. A implantação da organização foi coordenada pelo co-fundador Marcos Soler Baldasi, quando este possuía apenas 17 anos de idade. Marcos mora em uma cidade de pouco mais de 10 mil habitantes no interior do Paraná, onde encontrou dificuldades para colocar suas ideias de impacto social em prática. Quando ele teve contato com um universo de oportunidades, percebeu que deveria proporcionar o acesso a oportunidades para todos os jovens do interior do país. Assim, nasceu o Vem Ser Protagonista. Em 2018, ocorreu a implementação do primeiro programa de mentorias, ainda em sua fase inicial e experimental. Em 2019, aconteceu o segundo programa de mentorias com uma série de melhorias, contando com a participação de jovens de 18 estados do país. Em 2020, a pandemia aproximou a população dos meios digitais, e o Vem Ser Protagonista ampliou os seus mecanismos de impacto social, reformulando o programa de mentorias e desenvolvendo um grande sistema de capacitações com diversas organizações parceiras, jovens de todos as unidades da federação participaram. Em 2021, o formato do programa de mentorias consolidou-se e foi lançado o “De Portas Abertas”. Em 2022, houve a adaptação do programa de mentorias para as novas necessidades das juventudes, assim como desenvolveu-se diversos pilotos de novos programas e ações.